Toda su pasión revolucionaria va a culminar, en su primera etapa, con la invasión a Venezuela, que preparó desde Nueva York, donde llega el 9 de noviembre de 1805.
Con 20.000 dólares que donó Ogden y otras contribuciones, Miranda compró un buque de 180 toneladas, que bautizó con el nombre de su pequeño hijo, Leandro, y otras dos embarcaciones, la Indostan y Emperor (estas dos finalmente no viajaron). En el Leandro iban 500 fusiles, algunos cañones, 500 sables, trabucos, 400 machetes cinco toneladas de plomo, 10.000 pedernales de fusil, etc. Con este material bélico y doscientos hombres, soñaba Miranda su Ejército Colombiano.
Con una tripulación abigarrada, formada por vagos y maleantes de los muelles de Nueva York, norteamericanos, austríacos, franceses, polacos, etc., sale Miranda con su expedición el 2 de febrero de 1806. Diecisiete días más tarde llega a Jacmel, Haití. Aquí, a bordo del Leandro, Miranda enarbola por primera vez la bandera venezolana: amarillo, azul y rojo. Hace que todos aquellos «soldados» juren fidelidad a esa bandera y al libre pueblo de Sudamérica. Era el 12 de marzo de 1806.
Sigue hacia las costas venezolanas, con dos goletas fletadas, la Bachus y la Bee, para desembarcar en Ocumare, pero cuando están cerca son rechazados por el fuego de guardacostas, porque las autoridades venezolanas estaban avisadas. Aunque los expedicionarios responden al fuego, las goletas son apresadas. El Leandro logra escapar y va a Trinidad después de hacer escalas en Grenada y Barbados.
Diez de los prisioneros serán ahorcados el 21 de julio de ese mismo año. Los demás sufrirán prisión por más de diez años. Uno de los ahorcados y descuartizados fue el impresor norteamericano Miles L. Hall (o Hale), quien por tal razón ha sido considerado como «el primer mártir de la imprenta en Venezuela».
Miranda no se da por vencido. Ahora está en la isla de Bonaire, donde convoca, a bordo del Leandro, una Junta de Guerra, el 3 de mayo, y decide llegar hasta Trinidad para reorganizarse y reforzar la expedición. En alta mar son interceptados por la corbeta inglesa «Lily» que conduce el Capitán Donald Carmpbell. Miranda es reconocido por su alto prestigio y se le facilitan víveres. Sigue hasta Granada. El 7 de junio desembarcan en Barbados, donde el Almirante Alejandro Cochrane le ofrece el apoyo de las Fuerzas Navales de Inglaterra.
Con el Leandro, una goleta y dos buques de guerra, llega Miranda a Trinidad, el 23 de junio. Allí recibe ayuda de Hislop, Gobernador de la isla. Ahora la expedición ha crecido: la forman el Leandro, la Express, la Attentive, la Provost, la Lily, tres cañoneras y tres buques de transporte. Zarpan Miranda viaja en la Lily con el Capitán Campbell, que comanda los siete buques de guerra ingleses. Ya frente a las costas de Coro, el 1 de agosto, la fragata inglesa Bacchante se agrega a la flota.
Los 11 buques de la escuadra, con sus 300 hombres de desembarco, están ahora fondeados frente a La Vela de Coro. En la madrugada del 3 de agosto de 1806 mientras los buques descargaban su artillería, se precipitaban a tierra Miranda y sus hombres. ¡Hacía 35 años que no pisaba su tierra venezolana! y ese mismo día, al tomar el Fortín de La Vela, colocan en lo alto el Pabellón tricolor. ¡Por primera vez flameaba nuestra Bandera en el territorio nacional! Por la noche, después de asegurarse que La Vela está bien protegida, marcha Miranda con su Ejército a tomar a Coro.
Al llegar a esta ciudad la encuentra prácticamente desierta. La propaganda contra Miranda ha surtido efecto. Sobre todo la del Obispo de Mérida, Santiago Hernández Milanés, que lo pinta como ateo, monstruo, traidor, enemigo de Dios y del Rey.
Tanto en La Vela como en Coro, el protolíder va con sus Proclamas por delante. Riega las calles de papeles. El pueblo, fuertemente influido por la prédica de la iglesia y por el santo temor al Rey, le dio la espalda a Miranda.
Entonces, prudentemente, ordena la retirada de las tropas a La Vela, y de allí va hacia Aruba, Granada, Barbados y por último a Trinidad, donde se detiene casi un año, con la esperanza siempre viva de recibir nuevos auxilios de Inglaterra
Al no tener respuestas, se va a Londres, donde llega el 1 de enero de 1807, donde continúa haciendo propaganda a favor de la independencia a través de su correspondencia personal y del periódico que ha fundado ese propósito "El Colombiano".
Esos días se entretiene un rato con su mujer Sara Andrews y sus dos hijos. Por lo pronto, hay que dejar las cosas como están.
En realidad, no se puede hablar de fracaso. Miranda no descansará, seguirá haciendo que la balanza europea no española se incline a favor de la revolución hispanoamericana. En ese tesonero esfuerzo habrán de encontrarlo Bolívar, López Méndez y Bello, en 1810, dado ya el golpe caraqueño. Empieza otro capítulo.
Bolívar, durante su permanencia en Londres, se empeña en que Miranda vaya a Caracas. Se necesita de su experiencia. Logra entusiasmarlo el futuro Libertador y Miranda se va detrás de los diplomáticos. Se aloja en Caracas en la casa de Simón Bolívar. Participa en la Sociedad Patriótica y luego en el Congreso. Cuando se declara la Independencia, el 5 de Julio de 1811, ya Miranda es la figura central en el ambiente político.
Comenzó muy pronto la reacción realista. Fracasa el Marqués del Toro y nombran Generalísimo a Francisco de Miranda, quien de inmediato se hace cargo del ejército. Las tropas no son lo suficientemente disciplinadas como para satisfacer a quien, veterano soldado, ha mandado ejércitos de 100 mil hombres en Francia. Monteverde avanza captando simpatía entre la gente del pueblo. Todo conspira en contra de los patriotas. Un oficial entrega el Castillo de Puerto Cabello. El Comandante de la Plaza es Bolívar. Hay deserciones en el ejército patriota, levantamiento de esclavos en Barlovento, ante estos hechos críticos, El viejo militar prepara la Capitulación con Monteverde, sin consultar a nadie pero es violada por Monteverde poco después. Así se perdió la Primera República.
Ahora empieza el calvario de Miranda. Decide embarcarse en La Guaira, donde varios oficiales patriotas, entre ellos Bolívar, se le presentan para juzgarle por lo que consideran una traición. Miranda se ve perdido. Los oficiales pretenden someterlo a un Consejo de Guerra. Pero la traición llegó primero. Y el propio Comandante de La Guaira (31 de julio de 1812) ahora está al servicio de los realistas y le impide salir en el barco. Miranda queda arrestado y los demás oficiales logran escapar.
De prisión en prisión, Miranda es trasladado a Puerto Cabello, de allí a Puerto Rico y finalmente Miranda, incomprendido en su momento, va a dar con sus huesos en La Carraca, en Cádiz. Allí estuvo su primera y última cárcel. El precursor de la Independencia Suramericana no pudo ver el feliz término de la misma. Un día, aniversario de la Toma de la Bastilla, el 14 de Julio de 1816, muere don Francisco de Miranda. Pasará mucho tiempo para que se le comprenda. Los primeros en reconocerle fueron los franceses, que incluyeron el nombre de Miranda en el Arco de Triunfo en París.
Le sobrevivieron sus hijos Francisco y Leandro, habidos en su matrimonio con Sara Andrews. Los archivos de Miranda fueron salvados en un barco inglés en 1812, llevados a Inglaterra y posteriormente comprados por el gobierno venezolano, conservándose hoy día en la Academia de la Historia de Caracas.